在《无限边界:超级机器人大战OG传说超越》的世界里,由日本和风式世界、剑与魔法的幻想世界、及超级新技术开发的科幻世界等多重世界观所构成的“无限边界”成为了战斗的舞台。在前作《机战OG传说》里,主人公哈根打败了“瓦鲁夏因”,最后导致所有世界的融合而形成了“新无限边界”。而在这次《机战OG传说超越》作品里,新的“无限边界”将成为本次故事的新舞台。
这次游戏中,在全新的人物主人公角色“阿雷迪·那亚修”、“涅朱·哈增”等基础上,前作中的哈根和楠舞神夜等人也会登场,另外,在《机战OG》中登场的艾克塞尔和阿露菲米两人均也会登场。