在本作故事中，从一封包裹信件被寄到主角工藤新一家里开始，在其中除了有“侦探主题公园”的邀请函之外，还有在小朋友们之间非常受欢迎的“Riddle Card”，而寄件人的名字则是“Sphinx”。但当科南等人接下这份Riddle Card之后，开始出现一连串的事件发生，而究竟在Sphinx与Riddle Card之间隐藏著怎样的秘密存在？这就有待玩家自己来解开事实的真相谜团了。 　　 在游戏中，玩家将根原作一样扮演因中毒而缩小变成可爱小孩的柯南，并挑战由5个剧情所构成的怪奇事件。在游戏中除了有以诱导方式来进行展开，玩家必须不断收集全部共100种的Riddle Card卡片道具来解开谜团的推理部分之外，还有必须把握时机按下按钮的动作要素。在动作部分中全部共有17个种类与103个舞台关卡，像是“用麻醉枪麻醉小五郎”、“用强化踢力的特殊鞋子踢飞铁罐攻击机械”等等，许多玩家在原著中非常熟悉的小侦探道具都会在游戏中登场。而且这些动作部分也会随处在故事中发生启动，当玩家通过这些动作部分后之后随时都可以再回来游玩。 除此之外，在游戏中还将加入8种可以让玩家单独游乐的迷你游戏，其中从动作到益智应有尽有，喜欢柯南的玩家届时可千万不要错过了喔。