故事舞台设定在《洛克人ZX》几年后科学文明非常发达的未来世界，当时人类与由其所创造出来的机械生命体《Repliroid》漫长战争刚结束、并一起步向共存未来，而在战后，由《三贤人》共同创造统领新联合政府并制定各项法律。而在几百年后，在世界各地残留的遗迹由于出现野生化的机械生命体《Irregular》而导致成为危险区域，但是由于里面藏有许多因战争而生的技术科技而被人视为宝山并不断进行探索。而本作的主角，则是因为冷冻睡眠而导致丧失记忆的少年《Gray》，以及拥有高超技术的宝物猎人《Ash》两人，玩家可以在游戏中分别进行两人的专属故事《Gray篇》与《Ash篇》，再加上延续前作登场的Pandora以及Prometheus等角色，让玩家可以从不同的角色视点来体验本作的丰富内涵与乐趣.