游戏讲述了昔日诸神一战，西天神王操纵命运之道，致使九天世界生灵涂炭。诸多天骄不忍苍生受劫，以身化道，成就秦问天悟道超脱，执掌众生意志。随后大战终结，西天神王被放逐时空乱流，遭受永世轮回之劫。秦问天逆转轮回救苍生，太古神王之名响彻九天！而后太古神王云游隐世，但他的传说仍然激励着诸多武命修士。千年后，九天世界中诸多粒子世界和三十三仙域更加繁盛，人族、妖族、魔修共存，奇才辈出。许多粒子世界的长辈会将年轻修士送往太古神王的故乡，粒子世界皇极圣域进行历练，希望他们也能像太古神王一样，经过重重磨难，最终超脱凡尘，笑傲九天。
繁盛表像之下，异变悄悄发生，沉寂已久的邪魔们逐渐露出了獠牙。西天神王在时空乱流中经受无尽的折磨，强烈的不甘驱使他化身邪恶，并领悟了更为危险的妖兽之道。他驱使妖兽前往粒子世界万象天域，夺走拥有破界之力的远古圣物开天斧，从而将力量渗透进各个小世界。